Храм в честь святителя Иннокентия Иркутского открыт в 2010 году, освящен 8 июля 2010 года. Первым настоятелем стал иерей Алексий Воеца.

В настоящее время храм является домовой церковью Восточно-Сибирского образовательного холдинга, объединившего Восточно-Сибирский институт экономики и менеджмента, Якутский колледж инновационных технологий и Восточно-Сибирский лицей. Настоятелем храма служит протоиерей Сергий Колесников.

В 2014 году после реконструкции домовый храм был вновь освящен. 16 сентября чин освящения провел архиепископ Якутский и Ленский Роман. С этого года в храме проводятся уроки православной культуры для учащихся Восточно-Сибирского лицея.

В домовом храме каждую неделю служится молебен перед иконой святителя Иннокентия Иркутского. Двери храма всегда открыты для студентов и сотрудников вуза.

Осенью 2014 года создана группа православной молодежи, в которую вступили 15 студентов. Трое из них совершили паломничество в Троице-Сергиеву Лавру, на празднование 700-летия преподобного Сергия Радонежского. Активисты участвуют во всех молодежных мероприятиях, проводимых Якутской и Ленской епархией.

В институте стало традицией проводить совместные мероприятия с Епархией:

30 сентября, в день памяти святых Веры, Надежды и Любви – студенческий творческий фестиваль «Вера, Надежда, Любовь»; в декабре – творческий конкурс для школьников «Рождественская звезда»; подготовка и участие в республиканских образовательных «Рождественских чтениях»; 25 января, в день памяти святой мученицы Татьяны – студенческий праздник «Татьянин день».

В студенческих мероприятиях и в научно-практических конференциях принимают участие учащиеся Якутской духовной семинарии.

Праздничные мероприятия института обязательно сопровождаются торжественным богослужением и молебном в домовом храме.

Осенью 2015 года в новом учебном корпусе института на улице Лермонтова была освящена часовня в память святых мучениц Веры, Надежды, Любви и матери их Софии.